Kinoko3には戦闘シーンが存在します。
RPGのようなコマンド選択方式のシステムで、ターン毎に攻守を交代しながら進行します。
面倒な場合は、スタート時の難易度設定で戦闘スキップ可能なモードを選択することも出来ます。 		 
 
鶴見太郎
 
  戦闘は最大二対二で行われます。
それぞれ前衛後衛に分かれ、時にはポジションを入れ替えながら戦闘を有利に運びます。 		 
 
御手洗神菜
 
  攻撃の命中判定やダメージ計算は、画面上に表示されるサイコロで行われます。
また、この計算に割り込んで値を増減させるシステムが存在したりもします。 		 
 
如月清菊
 
  高命中率・低ダメージの「ショット攻撃」
低命中率・高ダメージの「ブレイド攻撃」
相手に防御ペナルティーを与える「フェイント攻撃」
が基本的な攻撃手段となります。それぞれの特性を生かしながら敵の撃破を目指します。 		 
 
シイタ
 
  エクストリームゲージMAXの状態で使用することが可能な「エクストリーム技」。
ド派手な演出があるものも。 		 
 
洋介
 
  中には特殊なイベント戦闘があったりとか。
戦闘シーンの中にも細かいネタが一杯。