Kinoko3にはオリジナルキャラクターの他に、シリーズのキャラクターが総登場し、それぞれの物語に終止符が打たれます。きっちりと。
また、ユーザー参加企画による応募キャラクターが大活躍(?)したりと盛りだくさん。
 
 
鶴見太郎
 
  鶴見太郎(つるみたろう)。
今作の主人公である。
オーケーでもノットオーケーでもない、ひたすらフツーの高校生。クラスではその他大勢に位置する没個性の塊。
格好いいけどちょっと近寄り難い系の、潜在的モテモテ男だったりはしない。幼馴染みの女の子とかブラコンの妹がいたりなんてこともありえない。
そんなヘタレ主人公だが、ひょんなことから人類存亡を賭けた戦いに巻き込まれて行く。果たして、彼が辿り着く先は天国か地獄か。
 
 
御手洗神菜
 
  御手洗神菜(みたらいかんな)。
太郎の所属する水泳部の1コ上の先輩で、憧れの存在。
物静かな美人のはずだったが……。
太郎を「デート」に誘い、運命の渦へと巻き込んでゆく。終始思わせぶりな言動で太郎を翻弄する。
 
 
如月清菊
 
  如月清菊(きさらぎきよぎく)。
ステージネーム「婆尻子(バジリコ)」。都市伝説的パンクバンド「大王鬼神」に所属していたとかいないとかいう経歴を持つ、イカレギタークラッシュ少女。
バンド「スベスベマンジュウガニ」を結成し、太郎を引き込もうとする。
 
 
シイタ
 
  しいたけシリーズのキノコ怪人。
人間とキノコとの戦いの中で、唯一人間側についたキノコ。
裏切り者の名を受けて全てを捨てて戦うキノコ。しいたけの飾り包丁は味方の証。
デビ○マン・レディー・ジェントルマン。
 
 
洋介
 
  太郎のクラスメート。
金髪、ロン毛、バンダナの量産型ヨウスケキャラ。無個性な主人公の無個性な悪友。
ゲーセンとカラオケのコンボがお気に入り。
 
 
キース
 
  1・2に引き続き登場の謎の親父。
何か野望を持っているようである。
今作ではついにその正体が明らかに?
 
 
姫路佳世
 
  姫路佳世(ひめじかよ)。
2の主人公。今作では凄腕の助っ人剣士「フォローの魔女」として登場し、太郎の師となる。
 
 
安岡巧
 
  安岡巧(やすおかたくみ)。
1では主人公、2では「被害者A」、そして3では「最弱」。「ピアニッシモ」の異名をとる哀戦士。都市遊撃隊隊長。
 
 
竃馬数馬
 
  竃馬数馬(かまどうまかずま)。
1に登場の超生物学博士。大学教授の地位を追われ高校教師に。太郎のクラスの担任で、機関の科学顧問。
 
 
竃馬香住
 
  竃馬香住(かまどうまかすみ)。
竃馬数馬の娘。1ではほとんど出番がなかったが、3では親子共々返り咲きなるか?
 
 
アンドリュー
 
  「機関」で戦闘訓練を指揮する鬼軍曹。口で粗相をする際には「サー」を付けなければならないらしい。実装するはずだった育成パートのシステムキャラの座を失ったり、突如バイク乗りにさせられたりと災難なキャラ。  
 
豆司馬遼太郎
 
  豆司馬遼太郎(まめしばりょうたろう)。
ついに警部にまで登りつめた(?)異色の実写キャラ。
今回も大暴れ。
 
 
投稿キャラクター
 
  ユーザー参加企画「妻科市民大募集」にて、お絵描き掲示板で募集された恐るべきゲストキャラクター達。メインキャラに負けず劣らず濃ゆい奴ら。
本編では改造されたり、まんま使われたり、イベントCG描き起こされたりと、やりたい放題されることに。